Zoonotic simian foamy virus ในบังกลาเทศสะท้อนรูปแบบการแพร่กระจายและการติดเชื้อร่วมที่หลากหลาย

รูปและข้อมูลบทความฉบับเต็ม อ้างอิง การอ้างอิง ตัวชี้วัด การอนุญาตพิมพ์ซ้ำ & การอนุญาต PDF บทคัดย่อSimian foamy virus (SFVs) มีอยู่ทั่วไปในไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ (NHPs) เช่นเดียวกับ retroviruses ทั้งหมด การถอดรหัสแบบย้อนกลับของ SFV จะนำไปสู่การรวมตัวกันใหม่และการกลายพันธุ์ เนื่องจากพบว่ามีมนุษย์ติดเชื้อ SFV มากกว่าไวรัสที่เกิดจากสัตว์จำลองอื่น ๆ SFV จึงเป็นแบบจำลองที่มีประสิทธิภาพสำหรับการศึกษาไวรัสวิทยาและระบาดวิทยาของไวรัสที่อินเทอร์เฟซของมนุษย์/NHP ในเอเชีย SFV มีแนวโน้มที่จะถ่ายทอดสู่มนุษย์ผ่านการกัดและรอยขีดข่วนของลิงแสมที่เกิดขึ้นในบริบทของชีวิตประจำวัน เราวิเคราะห์ลำดับโปรไวรัสหลายลำดับจากยีนปิดปาก SFV จากทั้งมนุษย์และลิงแสม เพื่อที่จะระบุลักษณะการแพร่กระจายของไวรัสที่ส่งกลับมาที่ส่วนต่อประสานระหว่างมนุษย์กับ NHP ในบังกลาเทศ ในที่นี้ เรารายงานหลักฐานว่ามนุษย์สามารถติดเชื้อ SFV หลายสายพร้อมกันได้ โดยที่บุคคลบางคนติดเชื้อจากทั้งสายพันธุ์ SFV แบบ autochhonous และสายพันธุ์ที่คล้ายกับ SFV ที่พบในลิงแสมจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์อื่น ข้อมูลเหล่านี้ เมื่อรวมกับผลลัพธ์ก่อนหน้านี้ ชี้ให้เห็นว่าลิงแสมทั้งสองชนิดที่มนุษย์เอื้ออำนวยนำไปสู่การแนะนำสายพันธุ์ SFV ที่ไม่มีถิ่นที่อยู่และการรวมตัวกันของไวรัสในลิงแสมทำให้เกิดความหลากหลายของ SFV ในมนุษย์ในบังคลาเทศ คำสำคัญ: โรคติดเชื้ออุบัติใหม่บังคลาเทศ การแนะนำการแพร่กระจายไวรัสโฟม (FVs) เป็นวงศ์ย่อยของไวรัสย้อนยุคที่มีการแพร่กระจายอย่างกว้างขวางในสัตว์มีกระดูกสันหลัง รวมทั้งไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ แมว วัว และม้า1Meiering CD, Linial MLมุมมองทางประวัติศาสตร์ของระบาดวิทยาและการติดเชื้อไวรัสที่เป็นฟอง Clin Microbiol Rev2001;14:165–176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FVs เป็นไวรัสจากภายนอกในสมัยโบราณที่แพร่เชื้อระหว่างโฮสต์ได้อย่างมีประสิทธิภาพแต่ไม่ทราบว่าจะทำให้เกิดโรค2Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al.Ancient co-speciation of simian ไวรัสฟองและบิชอพ ธรรมชาติ2005;434:376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] แม้ว่าจะแทบแพร่หลายในไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ (NHPs) แต่ simian foamy virus (SFV) ก็ไม่ใช่เฉพาะถิ่นใน Homo sapiens ก่อนหน้านี้มีการตรวจพบการติดเชื้อจากสัตว์สู่คนในมนุษย์ที่เป็นโรค SFV ในหลายประเทศและในบริบทต่างๆ ของการติดต่อระหว่างสายพันธุ์ รวมถึงห้องปฏิบัติการของ NHP และเจ้าหน้าที่สวนสัตว์ในอเมริกาเหนือ คนงาน 'วัดลิง' เจ้าของสัตว์เลี้ยง และผู้คนที่อาศัยอยู่รอบๆ ลิงแสมในภาคใต้และตะวันออกเฉียงใต้ นักล่าเอเชียและบุชเนื้อในแอฟริกากลาง3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 และ simian foamy retroviruses ในมนุษย์: การค้นพบ ระบาดวิทยา การแพร่ข้ามสายพันธุ์ และไวรัสวิทยาระดับโมเลกุล ไวรัสวิทยา 2013;435:187–199 [Crossref], [Google Scholar]จนถึงปัจจุบัน การส่ง SFV จาก NHP สู่คนได้รับการบันทึกใน >100 คน มากกว่าจำนวนเหตุการณ์การแพร่ข้ามสายพันธุ์สำหรับไวรัส retroviruses ที่เกิดจาก NHP อื่น ๆ ที่รู้จัก: simian immunodeficiency virus , simian retrovirus D หรือ simian T-cell lymphotrophic virus.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 และ simian foamy retroviruses ในมนุษย์: การค้นพบ ระบาดวิทยา การแพร่กระจายข้ามสายพันธุ์ และไวรัสวิทยาระดับโมเลกุล . ไวรัสวิทยา 2013;435:187–199 [Crossref], [Google Scholar],4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al.การติดเชื้อของพนักงานในห้องปฏิบัติการที่มีไวรัสภูมิคุ้มกันบกพร่อง simian N Engl J Med1994;330:172–177. [Crossref], [Google Scholar],5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al.หลักฐานการติดเชื้อไวรัส simian type D retrovirus ในบุคคลที่สัมผัสกับไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์จากการประกอบอาชีพ เจ วิโรล2001;75:1783–1789. [Crossref], [Google Scholar],6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al.Frequent simian foamy virus การติดเชื้อในผู้ที่สัมผัสกับไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์จากการประกอบอาชีพ เจ วิโรล2004;78:2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar],7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.นักล่าชาวแอฟริกากลางที่สัมผัสกับไวรัสภูมิคุ้มกันบกพร่อง simian โรคติดเชื้ออุบัติใหม่ 2005;11:1928–1930 [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] เนื่องจากความชุกของ SFV ใน NHP และความหลากหลายและขอบเขตของอินเทอร์เฟซระหว่างมนุษย์กับ NHP คาดว่าทั่วโลกจำนวนผู้ติดเชื้ออาจถึงสิบ 8Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al.Risk Assessment: แบบจำลองสำหรับการทำนายการแพร่กระจายของไวรัสซิเมียนจากลิงแสมข้ามสายพันธุ์ (M. fascicularis) กับมนุษย์ที่วัดลิงในบาหลี ประเทศอินโดนีเซีย Am J Primatol2006;68:934–948. [Crossref], [Google Scholar],9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel simian foamy virus การติดเชื้อจากลิงหลายสายพันธุ์ในผู้หญิงจากสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก ไวรัสวิทยาย้อนหลัง2012;9:100. [Crossref], [Google Scholar] นอกจากนี้ การศึกษาระยะยาวสองสามชิ้นของมนุษย์ที่ติดเชื้อ SFV แนะนำว่า SFV จะไม่ถูกส่งจากคนหนึ่งไปยังอีกคนหนึ่ง10Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al.ลักษณะทางคลินิกและไวรัสของการติดเชื้อในมนุษย์แบบถาวรด้วย simian ไวรัสที่เป็นฟอง AIDS Res Hum Retroviruses2007;23:1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ด้วยเหตุนี้ การกำหนดลักษณะของปัจจัยที่มีอิทธิพลต่อการแพร่เชื้อ SFV จากสัตว์สู่คน อาจให้รูปแบบร่วมสมัยที่ดีที่สุดสำหรับการทำความเข้าใจว่าไวรัส NHP บางตัวสามารถทำให้เกิดมนุษย์ได้อย่างยั่งยืนได้อย่างไรและเพราะเหตุใด -การแพร่เชื้อในมนุษย์ กลุ่มของเราได้ศึกษาส่วนติดต่อระหว่างมนุษย์กับ NHP ในบังคลาเทศในช่วง 6 ปีที่ผ่านมา โดยเน้นที่การแพร่เชื้อข้ามสายพันธุ์ของเชื้อต่างๆ 11Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. การแสดงลักษณะภูมิทัศน์ของไวรัส picorna ในกลุ่มไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ที่มีลักษณะไซแอนโธรปิก ในบังคลาเทศ พ.ศ. 2007-2008 เจ Virol2013;87:558–571. [Crossref], [Google Scholar],12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al.การติดเชื้อ picornavirus ตามธรรมชาติในไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ที่สวนสัตว์ธากา เจ Virol2013;87:572–580. [Crossref], [Google Scholar],13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al.Influenza virus การติดเชื้อไวรัสในไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ การติดเชื้ออุบัติใหม่ Dis2012;18:1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] บังกลาเทศเป็นประเทศที่มีประชากรหนาแน่นที่สุดแห่งหนึ่งของโลก โดยมีเขตเมืองหลายแห่งอยู่ภายในหรือใกล้กับแหล่งที่อยู่อาศัยของ NHP แท็กซ่า NHP หลายตัวมีถิ่นกำเนิดในบังคลาเทศ โดยมีลิงแสมชนิดหนึ่ง (Macaca mulatta) มีจำนวนมากและกระจายอยู่ทั่วไป14Hasan K, Aziz MA, Alam Smet al. การกระจายของลิงชนิดหนึ่งจำพวก (Macaca mulatta) ในบังคลาเทศ: ความหลากหลายของประชากรในกลุ่ม ขนาดและองค์ประกอบ เจ้าคณะ Conserv2013;26:115–124. [Crossref], [Google Scholar] ในขณะที่ถิ่นที่อยู่ของป่ายังคงลดน้อยลง จำพวกที่มีความยืดหยุ่นทางนิเวศวิทยาขนาดเล็กเติบโตได้ในแหล่งอาศัยที่มนุษย์เปลี่ยนแปลง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในพื้นที่ที่ทัศนคติทางวัฒนธรรมส่งเสริมความอดทนของพวกเขา15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.พลวัตของประชากร ของลิงจำพวกลิงและไวรัสฟองในบังคลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] แม้ว่าการติดต่อระหว่างมนุษย์กับลิงแสมมักเกิดขึ้นในชุมชนที่มีลิงแสมอยู่อย่างอิสระ แต่ก็ยังเกิดขึ้นที่ศาลเจ้าทางศาสนาซึ่งกลายเป็นที่หลบภัยของลิงแสมและผ่านการเป็นเจ้าของสัตว์เลี้ยงของลิงแสม นอกจากนี้ คนเร่ร่อนที่รู้จักกันในนาม Bade หรือ Qalanda ได้เดินทางไปในภูมิภาคนี้มานานหลายศตวรรษ สร้างรายได้ด้วยการแสดงละครกับลิงแสมที่ได้รับการฝึกฝน ต่างจากแอฟริกา การล่าลิงเพื่อกินเนื้อนั้นหาได้ยากในบังกลาเทศ เนื่องจากถูกจำกัดไว้เฉพาะชนพื้นเมืองในพื้นที่ Chittagong Hill Tracts ที่ติดกับพม่า16Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al.การสื่อสารเพื่อการวิจัย: ความหลากหลายทางชีวภาพใช้ผ่านการเก็บเกี่ยวทรัพยากรสัตว์จากป่าโดย ชนเผ่า Mro ใน Chittagong Hill Tracts ประเทศบังคลาเทศ Int J Biodiversity Sci Manage2007;3:56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar]การแพร่เชื้อ SFV จาก NHP สู่คนมักเกิดขึ้นจากการถูกกัด SFV ทำซ้ำอย่างแข็งขันในเยื่อเมือกในช่องปากของลิงที่ติดเชื้อ โดยมีความเข้มข้นสูงในน้ำลาย ซึ่งสามารถตรวจพบจีโนมและ mRNAs ได้อย่างง่ายดาย17Murray SM, Picker LJ, Axthelm MK, Linial ML.ขยายเป้าหมายของเนื้อเยื่อสำหรับการจำลองแบบไวรัสที่เป็นฟองด้วยไวรัสโรคภูมิคุ้มกันบกพร่อง simian- กระตุ้นภูมิคุ้มกัน เจ Virol2006;80:663–670. [Crossref], [Google Scholar] อย่างไรก็ตาม ยังไม่ค่อยมีใครทราบเกี่ยวกับลักษณะโฮสต์หรือไวรัสที่ส่งผลต่อการถ่ายทอด SFV อย่างไร แม้แต่การกัดที่รุนแรงก็ไม่ส่งผลให้เกิดการติดเชื้ออย่างน่าเชื่อถือ9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel simian foamy virus การติดเชื้อจากลิงหลายสายพันธุ์ในผู้หญิงจากสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก ไวรัสวิทยาย้อนหลัง2012;9:100. [Crossref], [Google Scholar] ในทางกลับกัน มนุษย์บางคนที่มีเอกสารการติดเชื้อจำการสัมผัสกับ NHP หรือเนื้อเยื่อ NHP อย่างมีนัยสำคัญ คำถามสำคัญอื่นๆ เกี่ยวกับการแพร่เชื้อ SFV จากสัตว์สู่คนและการติดเชื้อยังไม่ได้รับการแก้ไข ตัวอย่างเช่น ในขณะที่มีการตรวจพบดีเอ็นเอโปรไวรัสอย่างต่อเนื่องในมนุษย์ที่ติดเชื้อ SFV บางตัวเป็นเวลานานหลายทศวรรษ บุคคลอื่นพัฒนาแอนติบอดีต่อ SFV โดยไม่มี DNA ของไวรัสที่ตรวจพบได้3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 และ simian foamy retroviruses ในมนุษย์: การค้นพบ ระบาดวิทยา การแพร่กระจายข้ามสายพันธุ์ และไวรัสวิทยาระดับโมเลกุล ไวรัสวิทยา 2013;435:187–199 [Crossref], [Google Scholar] ยังคงต้องค้นหาว่าบุคคลบางคนสามารถกำจัดการติดเชื้อได้หรือไม่ หรือไวรัสบางสายพันธุ์สามารถคงอยู่ได้มากกว่า จำเป็นต้องมีการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อตรวจสอบว่า คล้ายกับ SIV/HIV ซึ่งการรวมตัวใหม่ระหว่างสายพันธุ์ retroviral ในโฮสต์ใหม่เป็นเหตุการณ์ตั้งต้นของวิวัฒนาการของไวรัสที่ระบาดใหญ่หรือไม่ มีหลักฐานว่า SFVs รวมตัวกันอีกครั้งในโฮสต์ของมนุษย์ มีการศึกษาเพียงไม่กี่ครั้งเพื่อพิจารณาว่าความเข้มข้นของ SFV ในน้ำลายมีอิทธิพลต่อการแพร่เชื้อจากสัตว์สู่คนหรือไม่ หรือการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของมนุษย์อำนวยความสะดวกหรือป้องกันการติดเชื้อหรือการติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีอย่างต่อเนื่องอย่างไร (Soliven et al. และ Matsen et al., ไม่ได้เผยแพร่) และในขณะที่ข้อมูลที่รวบรวมในพื้นที่ทางภูมิศาสตร์อื่น ๆ และบริบทอื่น ๆ ของการติดต่อระหว่างมนุษย์กับลิงแสมได้ให้ข้อมูลเชิงลึกว่าตัวแปรทางประชากรศาสตร์และลิงแสมและพฤติกรรมของมนุษย์มีส่วนทำให้เกิดการรุกรานของลิงแสมต่อมนุษย์อย่างไร ยังไม่ค่อยมีใครรู้ว่าตัวแปรเหล่านี้มีอิทธิพลต่อ retroviral อย่างไร Transmission.18Fuentes A, Gamerl S. การมีส่วนร่วมที่ไม่สมส่วนตามอายุ/เพศในปฏิสัมพันธ์เชิงรุกระหว่างลิงแสมหางยาว (Macaca fascicularis) กับนักท่องเที่ยวมนุษย์ที่ป่าลิงปาดังเตกัล บาหลี ประเทศอินโดนีเซีย Am J Primatol2005;66:197–204. [Crossref], [Google Scholar]ในที่นี้เรานำเสนอข้อมูลที่อธิบายการสัมผัสกับลิงแสมของมนุษย์และการติดเชื้อ SFV ในหลายพื้นที่ในบังคลาเทศและในการดำเนินการกับเจ้าของลิง การศึกษาอื่น ๆ ส่วนใหญ่มุ่งเน้นไปที่บริเวณของยีน pol (integrase) ซึ่งได้รับการอนุรักษ์อย่างสูง ดังนั้นจึงอาจไม่เปิดเผยความผันแปรของ SFV ที่พบในบุคคลที่ติดเชื้อของสปีชีส์ เราได้รับโคลนจำนวนมากจากเลือดครบส่วนและจัดลำดับส่วนหนึ่งของยีนปิดปาก SFV ที่เลือกไว้เหนือ pol เพื่อเปิดเผยความแปรผันทางพันธุกรรมของ SFV ที่มากขึ้น และใช้ข้อมูลลำดับเพื่อเปรียบเทียบไวรัสที่พบในมนุษย์กับที่พบในลิงแสมที่พวกมันมีปฏิสัมพันธ์ . เราแสดงให้เห็นว่ามนุษย์สามารถติดเชื้อ SFV หลายสายพร้อมกันได้ บุคคลบางคนติดเชื้อทั้งสายพันธุ์ SFV แบบ autochhonous (ต้นกำเนิดที่พบ) และสายพันธุ์ที่คล้ายกับ SFV ที่พบในลิงแสมจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์อื่น อายุที่เพิ่มขึ้นเป็นปัจจัยเสี่ยงที่สำคัญสำหรับการแพร่เชื้อ SFV จากสัตว์สู่คนในมนุษย์ เพศหญิงและศาสนาฮินดูอาจสัมพันธ์กับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้น ข้อมูลเหล่านี้รวมกับผลลัพธ์ก่อนหน้าของเรา15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.การเปลี่ยนแปลงของประชากรของลิงจำพวกลิงและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] แนะนำว่าการเคลื่อนไหวของลิงกังที่มนุษย์อำนวยความสะดวก การติดเชื้อ SFV หลายตัว และการรวมตัวของไวรัส retrovirus ล้วนมีส่วนทำให้เกิดความหลากหลายของไวรัสในบังกลาเทศ เว็บไซต์ (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj และ Charmaguria) รวมถึงเจ้าของลิง 209 ตัวที่แสดงในกลุ่มเร่ร่อนที่แสดงการแสดงที่มีลิงแสมที่ได้รับการฝึกฝน ไซต์ชุมชนก่อตั้งขึ้นในปี 2007 ในพื้นที่ที่มีลิงแสมอาศัยอยู่อย่างอิสระและที่ซึ่งผู้อยู่อาศัยเต็มใจที่จะเข้าร่วมในการวิจัยระยะยาวเกี่ยวกับการแพร่เชื้อข้ามสายพันธุ์ เราสุ่มตัวอย่างเจ้าของลิงที่กำลังแสดงโดยฉวยโอกาส เมื่อเราพบพวกมันระหว่างทางไปหรือกลับจากไซต์การศึกษาของชุมชนของเรา การวิเคราะห์ความหลากหลายของ SFV ในหมู่ลิงจากบังคลาเทศถูกนำเสนอในการศึกษาร่วมของเรา15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงจำพวกลิงชนิดหนึ่งและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] ข้อมูลจากการศึกษาดังกล่าวยังเป็นส่วนหนึ่งของชุดข้อมูล SFV ของลิงแสมที่ตรวจสอบในการศึกษาครั้งนี้ด้วย ที่นี่เรานำเสนอคำอธิบายสั้น ๆ ของไซต์ภาคสนาม (รูปที่ 1) ที่รวมอยู่ในการศึกษานี้ Zoonotic simian foamy virus ในบังกลาเทศสะท้อนรูปแบบการแพร่กระจายและการติดเชื้อร่วมที่หลากหลาย ผู้เขียนทุกคนGregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60เผยแพร่ออนไลน์:25 มกราคม 2019ภาพที่ 1 สถานที่สุ่มตัวอย่างและความหลากหลายของสายพันธุ์ SFV ที่ตรวจพบในอาสาสมัครที่ติดเชื้อจากสัตว์สู่คน มนุษย์ถูกสัมภาษณ์และสุ่มตัวอย่างในพื้นที่เมืองห้าแห่งทั่วบังคลาเทศซึ่งมีลิงจำพวกลิงจำพวกลิงอิสระ เมื่อเร็ว ๆ นี้เราได้แสดงให้เห็นว่าในแต่ละไซต์เหล่านี้สามารถตรวจพบสายพันธุ์หลักของ SFV ในลิงแสม 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงจำพวกลิงและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังคลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] สายพันธุ์หลักของ rhesus SFV มีรหัสสีบนแผนที่นี้ สำหรับมนุษย์ (แสดงโดย 'BGH') ที่พบว่าติดเชื้อ SFV เราได้รับโคลนหลายตัวจากเลือดครบส่วนและจัดลำดับส่วนหนึ่งของยีนปิดปาก SFV ข้อมูลลำดับถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบไวรัสที่พบในมนุษย์กับที่พบในลิงแสมจากไซต์นั้น สีของวงกลมที่อยู่ถัดจากตัวระบุ BGH แต่ละตัวหมายถึงความเครียด SFV ที่ตรวจพบในมนุษย์เหล่านี้ โปรดทราบว่าผู้ป่วยสี่รายติดเชื้อ SFV หลายสายพร้อมกัน และบุคคลบางคนติดเชื้อทั้งสายพันธุ์ SFV แบบ autochhonous (ต้นกำเนิดที่พบ) และสายพันธุ์ที่คล้ายกับ SFV ที่พบในลิงแสมจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์อื่น nks ไม่ทราบแหล่งที่มา แสดงขนาดเต็มภาพที่ 1 สถานที่สุ่มตัวอย่างและความหลากหลายของสายพันธุ์ SFV ที่ตรวจพบในตัวอย่างมนุษย์ที่ติดเชื้อจากสัตว์สู่คน มนุษย์ถูกสัมภาษณ์และสุ่มตัวอย่างในพื้นที่เมืองห้าแห่งทั่วบังคลาเทศซึ่งมีลิงจำพวกลิงจำพวกลิงอิสระ เมื่อเร็ว ๆ นี้เราได้แสดงให้เห็นว่าในแต่ละไซต์เหล่านี้สามารถตรวจพบสายพันธุ์หลักของ SFV ในลิงแสม 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงจำพวกลิงและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังคลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] สายพันธุ์หลักของ rhesus SFV มีรหัสสีบนแผนที่นี้ สำหรับมนุษย์ (แสดงโดย 'BGH') ที่พบว่าติดเชื้อ SFV เราได้รับโคลนหลายตัวจากเลือดครบส่วนและจัดลำดับส่วนหนึ่งของยีนปิดปาก SFV ข้อมูลลำดับถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบไวรัสที่พบในมนุษย์กับที่พบในลิงแสมจากไซต์นั้น สีของวงกลมที่อยู่ถัดจากตัวระบุ BGH แต่ละตัวหมายถึงความเครียด SFV ที่ตรวจพบในมนุษย์เหล่านี้ โปรดทราบว่าผู้ป่วยสี่รายติดเชื้อ SFV หลายสายพร้อมกัน และบุคคลบางคนติดเชื้อทั้งสายพันธุ์ SFV แบบ autochhonous (ต้นกำเนิดที่พบ) และสายพันธุ์ที่คล้ายกับ SFV ที่พบในลิงแสมจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์อื่น nks ไม่ทราบแหล่งที่มา Sylhet ตั้งอยู่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศ ภายใน 35 กม. จากชายแดนกับจังหวัดอัสสัมของอินเดีย Sylhet เป็นเมืองที่ใหญ่เป็นอันดับสามในบังคลาเทศ มีลิงแสมประมาณ 125 ตัวอยู่ที่ศาลเจ้าชาห์จาลัลใจกลางเมือง ลิงแสมของ Sylhet กระจายอยู่ทั่วบริเวณศาลเจ้าและบริเวณใกล้เคียง ลิงกังของ Shah Jalal มักถูกจัดเตรียมโดยเจ้าหน้าที่ของศาลเจ้า และมักจะได้รับอาหารจากผู้มาเยี่ยมชมศาลเจ้า อาสาสมัครที่เป็นมนุษย์สิบสี่คนที่อาศัยอยู่ใกล้กับศาลเจ้าได้เข้าร่วมในการศึกษาครั้งนี้ บอร์มี ในเมืองบอร์มี ซึ่งอยู่ห่างจากกรุงธากาไปทางเหนือประมาณ 50 กม. มีลิงแสมมากกว่า 200 ตัวกระจายอยู่ทั่วหมู่บ้าน โดยเคลื่อนที่ไปมาอย่างอิสระระหว่างพื้นที่ฮินดูและมุสลิม มักเข้าไปในบ้านเพื่อค้นหา ของอาหาร. แม้ว่าชาวบอร์มีบางคนจะเสนออาหารให้กับลิงแสม แต่ก็ไม่มีการจัดเตรียมอาหารให้พวกมัน อาสาสมัครจำนวน 105 คนจากบอร์มีเข้าร่วมในการศึกษานี้ ธรรมราย เมืองธรรมรายตั้งอยู่ 40 กม. ทางตะวันตกเฉียงใต้ของบอร์มี ลิงแสมประมาณ 75–100 ตัวกระจายไปทั่วธรรมรายอย่างอิสระ ลิงแสมชอบพื้นที่ที่มีร่มเงาขนาดใหญ่และไม้ผล ซึ่งพบได้ทั่วไปในละแวกใกล้เคียงของชาวฮินดู เช่นเดียวกับใน Bormi ไม่มีการจัดเตรียมลิงอย่างเป็นระบบ เก้าวิชาจากธรรมรายรวมอยู่ในชุดข้อมูลนี้ NarayanganjNarayanganj เป็นเมืองท่าที่มีประชากรหนาแน่น ประมาณ 20 กม. ทางใต้ของธากา ประชากรลิงกังจำพวกลิงยังคงลดลงอย่างต่อเนื่องในพื้นที่นี้ เนื่องจากการพัฒนาเมืองทำให้พื้นที่สีเขียวเข้ามาแทนที่ ลิงแสมประมาณ 60 ตัวในเมืองนี้ไม่ได้รับการจัดเตรียมและไม่คุ้นเคยกับมนุษย์ อาสาสมัครที่เป็นมนุษย์ 150 คนจาก Narayanganj เข้าร่วมในการศึกษานี้ CharmaguriaCharmaguria ตั้งอยู่ XNUMX กม. ทางใต้/ตะวันตกเฉียงใต้ของธากาตามแนวแม่น้ำปัทมา ลิงแสมมากกว่า 200 ตัวในบริเวณนี้จัดเตรียมโดยองค์กรท้องถิ่นที่ตั้งอยู่ใจกลางเมือง และพื้นที่สีเขียวที่อุดมสมบูรณ์ในเมืองเล็กๆ แห่งนี้จะมีทางเดินตามธรรมชาติซึ่งมีสัตว์ต่างๆ มากมาย อาสาสมัครที่เป็นมนุษย์สี่สิบห้าคนจาก Charmaguria เข้าร่วมในการศึกษานี้ การสรรหา การรับทราบและยินยอมและโปรโตคอลการสุ่มตัวอย่าง ซึ่งรวมถึงการติดตามบุคคลที่เป็น SFV ในเชิงบวก ได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการพิจารณาเรื่องมนุษย์ของมหาวิทยาลัยวอชิงตัน (23055) และคณะกรรมการตรวจสอบที่คล้ายคลึงกันที่ มหาวิทยาลัย Jahangirnagar บังคลาเทศ ข้อมูลทางชีววิทยาและข้อมูลประชากรจากอาสาสมัครที่เป็นมนุษย์ถูกเข้ารหัสด้วยตัวระบุที่ไม่ระบุตัวตนซึ่งขึ้นต้นด้วย 'BanGladesh Human' (BGH) ที่ไซต์ชุมชนแต่ละแห่ง สมาชิกในทีมบังคลาเทศได้เริ่มติดต่อกับผู้นำในละแวกบ้านและระบุตำแหน่งศูนย์กลางภายในช่วงการเก็บรวบรวมข้อมูลของลิงกัง จากนั้น สมาชิกทีมชาวบังคลาเทศได้ร่วมมือกับชาวบ้านในชุมชนและเดินเท้าออกไป โดยขอให้ผู้ที่ระบุว่าตนเองถูกลิงกัดหรือได้รับบาดเจ็บ เกณฑ์การคัดเลือกสำหรับอาสาสมัครที่รวมอายุมากกว่า 18 ปี การสัมผัสกับ NHP และ/หรือถิ่นที่อยู่ในระยะยาว (>20 ปี) ด้วยตนเองในหมู่บ้าน ได้รับความยินยอมเป็นลายลักษณ์อักษรจากทุกวิชา ข้อมูลประชากรและข้อมูลที่อธิบายความเสี่ยงของ NHP ได้มาจากแบบสอบถามที่ดูแลโดยสมาชิกในทีมในภาษาท้องถิ่น เบงกาลี เก็บเลือดครบส่วนสิบมิลลิลิตรจากหลอดเลือดดำที่ปลายมดลูกของแต่ละผู้รับการทดลองในหลอดที่มีกรดเอทิลีนไดเอมีนเตตระอะซิติก เก็บไว้บนน้ำแข็งไม่เกิน 12 ชั่วโมง จากนั้นหมุนเหวี่ยง เลือดครบส่วนและส่วนลิคอตในพลาสมาถูกเก็บไว้ที่ −80 °C จนกระทั่งทำการวิเคราะห์ Whatman Sterile Omni Swabs (Whatman, Piscataway, NJ, USA) ถูกนำมาใช้เพื่อเก็บตัวอย่างเยื่อเมือกบริเวณแก้ม Swabs ถูกใส่ทันทีใน 500 µL ของ Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) ที่ถูกทำให้เย็นบนน้ำแข็งเป็นเวลาไม่เกิน 12 ชั่วโมงก่อนที่จะถูกแช่แข็งที่ −80 °C จนกระทั่งทำการวิเคราะห์ วิธีการเหล่านี้โดยพื้นฐานแล้วเหมือนกับวิธีการที่เราใช้ในการเก็บและเก็บตัวอย่างทางชีวภาพที่ได้มาจากลิงแสม 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงจำพวกลิงและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar]สุ่มตัวอย่างซ้ำของคนที่เป็นบวก SFV ที่ยืนยันแล้ว หากผู้รับการทดลองที่เป็นมนุษย์ได้รับการยืนยัน SFV positive โดยปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส (PCR) ทีมวิจัยพยายามติดต่อและสุ่มตัวอย่างตัวอย่างประมาณ 1 ปีหลังจากการสุ่มตัวอย่างครั้งแรก . โปรโตคอลการเก็บตัวอย่างทางชีววิทยาสำหรับการสุ่มตัวอย่างติดตามผลของผู้ป่วยที่เป็นบวก SFV เป็นแบบเดียวกันที่ใช้ในระหว่างการสุ่มตัวอย่างครั้งแรก นอกจากนี้ อาสาสมัครที่เป็นบวกของ SFV ได้รับการตรวจร่างกายโดยย่อและเก็บประวัติทางการแพทย์ในเชิงลึก ลิงแสมลิงแสมสุ่มตัวอย่างต้นฉบับของเราสำหรับโครงการนี้ 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงชนิดหนึ่งจำพวกและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังคลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] จัดเตรียมการสุ่มตัวอย่างสัตว์และโปรโตคอลในห้องปฏิบัติการทั้งหมด ลำดับการปิดปาก SFV จากลิงแสมจำพวกลิงชนิดหนึ่งทั้งหมด 184 ตัวถูกรวมไว้ในการศึกษานี้ (รูปที่ 2) นอกจากนี้เรายังรวมลำดับชุดข้อมูลที่ได้จากสี่จำพวก สองจากธรรมราย และอีกสองจากบอร์มี ซึ่งเราสามารถสุ่มตัวอย่างใหม่ได้สองปีหลังจากการสุ่มตัวอย่างครั้งแรก Zoonotic simian foamy virus ในบังกลาเทศสะท้อนรูปแบบการแพร่กระจายและการติดเชื้อร่วมที่หลากหลาย ผู้เขียนทุกคนGregory A Engel, Christopher T Small, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60เผยแพร่ออนไลน์:25 มกราคม 2019ภาพที่ 2 การจำแนกสายพันธุ์เลือดสำหรับลิงจากการสุ่มตัวอย่าง สำหรับลิงแต่ละตัว แถบสีที่สอดคล้องกับประชากรตัวอย่างลิงจะแสดงใน (A) และแถบสีที่สอดคล้องกับสายพันธุ์ที่สังเกตได้ภายในตัวอย่างเลือดของลิงที่แสดงใน (B) สายพันธุ์ที่ไม่ใช่แกนหลักมีการติดฉลากตามความสัมพันธ์แบบรีคอมบิแนนท์ที่สร้างขึ้นด้วยสายพันธุ์พ่อแม่ การจับคู่ที่เป็นบวกถูกกำหนดโดยโอกาสอย่างน้อย 90% สำหรับคู่เบสที่ต่อเนื่องกัน 200 คู่ขึ้นไปในการวิเคราะห์ cBrother บริเวณของจีโนมที่ไม่ตรงกับสายพันธุ์ผู้ปกครองที่สูงกว่าเกณฑ์นี้เป็นเวลาอย่างน้อย 200 nt ถูกทำเครื่องหมายเป็น nks (ไม่ทราบแหล่งที่มา) นี่เป็นแบบจำลองที่เรียบง่ายจากเอกสารประกอบสำหรับการศึกษานี้ 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงชนิดหนึ่งและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] แต่มีการจำแนกสายพันธุ์ที่อัปเดต แสดงขนาดเต็ม รูปที่ 2 การจำแนกสายพันธุ์เลือดสำหรับลิงจากการสุ่มตัวอย่าง สำหรับลิงแต่ละตัว แถบสีที่สอดคล้องกับประชากรตัวอย่างลิงจะแสดงใน (A) และแถบสีที่สอดคล้องกับสายพันธุ์ที่สังเกตได้ภายในตัวอย่างเลือดของลิงที่แสดงใน (B) สายพันธุ์ที่ไม่ใช่แกนหลักมีการติดฉลากตามความสัมพันธ์แบบรีคอมบิแนนท์ที่สร้างขึ้นด้วยสายพันธุ์พ่อแม่ การจับคู่ที่เป็นบวกถูกกำหนดโดยโอกาสอย่างน้อย 90% สำหรับคู่เบสที่ต่อเนื่องกัน 200 คู่ขึ้นไปในการวิเคราะห์ cBrother บริเวณของจีโนมที่ไม่ตรงกับสายพันธุ์ผู้ปกครองที่สูงกว่าเกณฑ์นี้เป็นเวลาอย่างน้อย 200 nt ถูกทำเครื่องหมายเป็น nks (ไม่ทราบแหล่งที่มา) นี่เป็นแบบจำลองที่เรียบง่ายจากเอกสารประกอบสำหรับการศึกษานี้ 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงชนิดหนึ่งและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] แต่มีการจำแนกสายพันธุ์ที่อัปเดตแล้ว การตรวจจับ SFV Western blotRhesus macaque fibroblast Telo-RF cell line19Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS.Generation of a life-expaned rhesus monkey fibroblast cell line for การเจริญเติบโตของ rhesus rhadinovirus (RRV) อาร์ค Virol2002;147:321–333. [Crossref], [Google Scholar] ติดเชื้อ SFV M. มูลัตต้าหรือเอ็ม fascicularis หรือไม่ติดเชื้อ หลังจาก 48 ชั่วโมง เซลล์ถูกสลายในบัฟเฟอร์ตัวอย่าง 1× โซเดียม โดเดซิล ซัลเฟต (50 มิลลิโมลาร์ Tris-HCl (pH 6.8), 10% กลีเซอรอล, 2% โซเดียม โดเดซิล ซัลเฟต, 5% 2-เมอร์แคปโตเอธานอล, 0.01% โบรโมฟีนอลบลู) และตัวอย่างอิเลคโทรด trophoresed ผ่านเจลโพลีอะคริลาไมด์ 10% หลังจากถ่ายโอนโปรตีนไปยังเยื่อโพลีไวนิลลิดีนไดฟลูออไรด์ (Millipore Billerica, MA, USA) เยื่อหุ้มถูกบล็อกในน้ำเกลือบัฟเฟอร์ฟอสเฟต+0.05% ทวีน-20 ที่มีนมแห้งไม่มีไขมัน 2% แล้วล้างด้วยน้ำและปล่อยให้แห้ง แถบถูกสร้างขึ้น แต่ละแถบมีสามเลน (เครื่องหมายแสดงน้ำหนักโมเลกุล, Telo-RF ที่ไม่ติดเชื้อและไลเซตเซลล์ Telo-RF ที่ติดเชื้อ) และแอนติบอดีปฐมภูมิ (พลาสมาของมนุษย์) ถูกเติมที่การเจือจาง 1∶20 และบ่มข้ามคืนที่ 4 °C ล้างแถบในน้ำเกลือบัฟเฟอร์ฟอสเฟต 0.05 ครั้ง+20% ทวีน-1 ก่อนเติมหัวไชเท้าเปอร์ออกซิเดสที่ต่อต้านมนุษย์จากแพะ (Thermo Scientific and GE Healthcare Rochester, NY, USA) ที่การเจือจาง 5000∶1 เป็นเวลา XNUMX ชั่วโมงที่อุณหภูมิห้อง . ล้างแถบอีกครั้งสามครั้งก่อนล้างด้วยน้ำและใช้สารตั้งต้นที่เสถียร 3,3′,5,5′-tetramethylbenzidine สำหรับหัวไชเท้าเปอร์ออกซิเดส (Promega Madision, WI, USA) เพื่อให้เห็นภาพแถบ พลาสม่าจาก BGH4 ซึ่งเป็น SFV positive human 20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al.บริบทที่หลากหลายของการถ่ายทอดไวรัสซิเมียนจากสัตว์สู่คนในเอเชีย โรคติดเชื้ออุบัติใหม่ 2008;14:1200–1208 [Crossref], [Google Scholar] ถูกใช้เป็นตัวควบคุมเชิงบวก การแยก DNA จากเลือดครบส่วน DNA ของจีโนมทั้งหมดถูกสกัดจากเลือดครบส่วนของมนุษย์โดยใช้ QIAamp DNA blood mini kit (Qiagen) ตามโปรโตคอลของผู้ผลิต เราสกัด DNA จากเลือดครบส่วน 200 ไมโครลิตร DNA ที่ถูกทำให้บริสุทธิ์ถูกชะใน 200 ไมโครลิตรของการขยายบัฟเฟอร์ AE.PCR ของส่วนปิดปากและโพลจาก DNA จีโนมทั้งหมด 15 ไมโครลิตรของ DNA ที่แยกได้ถูกใช้สำหรับการขยาย PCR ของแก็กหรือชิ้นส่วนของโพลโดย PCR สองรอบ PCR รอบแรกเป็นปฏิกิริยามัลติเพล็กซ์กับไพรเมอร์ gag และ pol (ลำดับไพรเมอร์: G1 (+)(nt 114–134, นำมาจากลำดับ SFV1 GeneBank NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3′; G2 (−) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3′; P2 ( −) (nt 5768–5749) 5′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG)-3′ ปฏิกิริยาถูกทำให้เสียสภาพที่ 95 °C เป็นเวลา 3 นาที ตามด้วยสองรอบที่ 95 °C เป็นเวลา 30 วินาที 38 °C เป็นเวลา 1 นาที 72 °C เป็นเวลา 1 นาที จากนั้นตามด้วย 25 รอบที่ 95 °C เป็นเวลา 30 วินาที , 52 °C เป็นเวลา 1 นาที และ 72 °C เป็นเวลา 1 นาที น้ำถูกใช้เป็นตัวควบคุมเชิงลบ 2 ไมโครลิตรของผลิตภัณฑ์ PCR ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับ PCR รอบที่สอง ทั้ง gag หรือ pol primers (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3′; G4 (−) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3′; P6 (−) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ') ถูกใช้เพื่อขยายชิ้นส่วนแต่ละส่วน ปฏิกิริยาถูกทำให้เสียสภาพที่ 95 °C เป็นเวลา 3 นาที ตามด้วย 35 รอบที่ 95 °C เป็นเวลา 30 วินาที, 52 °C เป็นเวลา 1 นาที และ 72 °C เป็นเวลา 1 นาที ขนาดที่คาดไว้ของผลิตภัณฑ์ PCR สำหรับ gag และ pol คือ 1235 bps และ 390 bps ตามลำดับ การโคลนและการจัดลำดับของ gag fragments ผลิตภัณฑ์ FV PCR ถูกทำให้บริสุทธิ์ด้วยเจลโดยใช้ QIAquick gel extraction kit (Qiagen) ตามโปรโตคอลของผู้ผลิต ชิ้นส่วนที่ถูกทำให้บริสุทธิ์ถูกมัดเข้ากับเวกเตอร์การโคลน TOPO-TA (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) และเปลี่ยนเป็นเซลล์ที่มีความสามารถ Escherichia coli TOP10 (Invitrogen) เลือกโคโลนีเดี่ยวจำนวนมากสำหรับตัวอย่างปิดปากแต่ละตัวอย่าง และพลาสมิดดีเอ็นเอถูกทำให้บริสุทธิ์และจัดลำดับ การจัดลำดับดำเนินการโดยใช้ไพรเมอร์ M13 ไปข้างหน้าและย้อนกลับ เช่นเดียวกับไพรเมอร์ไปข้างหน้าและย้อนกลับภายในสำหรับปิดปากโดย University of Washington Genomics Facility หรือ GeneWiz Inc. (ซีแอตเทิล, วอชิงตัน, สหรัฐอเมริกา). สายพันธุ์ของไวรัสแสดงโดยใช้อักษรตัวพิมพ์เล็กเพื่อแยกความแตกต่างออกจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่สุ่มตัวอย่างมนุษย์หรือลิง (เช่น Dhamrai เป็นพื้นที่ศึกษาที่ตรวจพบความเครียดหลัก dhamrai) การแยก RNA จากไม้กวาดแก้ม ตัวอย่างไม้กวาดแก้มแช่แข็งในบัฟเฟอร์ RLT (Qiagen) ถูกละลายที่ 37 °C เป็นเวลา 15 นาทีด้วย 40 U ของตัวยับยั้งไรโบนิวคลีเอส RNaseOUT (Invitrogen) และ 1 U ของ DNase I (Promega) ที่ปราศจาก RNase ทันทีก่อนการสกัด RNA RNA ทั้งหมดถูกสกัดตามโปรโตคอลมาตรฐานโดยใช้ RNeasy Mini Kit (Qiagen) RNA ได้รับการรักษาอีกครั้งด้วย 40 U ของ RNaseOUT และ 1 U ของ DNase I ที่ปราศจาก RNase ที่ 37 °C เป็นเวลา 1 ชั่วโมง จากนั้น ตัวอย่างถูกบ่มที่ 65 °C เป็นเวลา 15 นาทีเพื่อหยุดการทำงานของเอนไซม์ RNA ถูกเก็บไว้ที่ -20 °C เพื่อใช้ในภายหลัง การถอดรหัสแบบย้อนกลับ-PCR (RT-PCR) ของ RNART-PCR ของกระพุ้งแก้มถูกดำเนินการเพื่อโคลนลำดับการปิดปากบางส่วน (1235 bp) จาก RNA swab ของกระพุ้งแก้ม cDNA สายแรกถูกสังเคราะห์โดยใช้ระบบ Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) ตามโปรโตคอลของผู้ผลิตโดยใช้ไพรเมอร์ Oligo(dT)18 ปฏิกิริยา RT ถูกปิดใช้งานที่ 85 °C เป็นเวลา 5 นาที cDNA ที่เป็นผลลัพธ์ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับ PCR สองรอบตามที่อธิบายไว้ข้างต้นสำหรับการขยายการปิดปาก FV ของเลือดครบส่วน วิธีการวิเคราะห์คลัสเตอร์และการวิเคราะห์ไฮเปอร์มิวเทชันลำดับภายใต้การตรวจสอบในการศึกษานี้แสดงหลักฐานของไฮเปอร์มิวเทชันที่อาศัย APOBEC3 การวิเคราะห์อย่างละเอียดของกิจกรรมนี้จะนำเสนอใน Matsen et al (ที่ไม่ได้เผยแพร่) การวิเคราะห์นี้สร้างการจัดตำแหน่งลำดับเชิงลบของไฮเปอร์มิวเตชันโดยเอาคอลัมน์ที่สงสัยว่าเป็นไฮเปอร์มิวเทชันออก การจัดแนวเหล่านี้ใช้สำหรับส่วนที่เหลือของการวิเคราะห์ในการศึกษานี้ เพื่อหลีกเลี่ยงการรวมตัวของไฮเปอร์มิวเทชันและสัญญาณวิวัฒนาการที่แท้จริง การวิเคราะห์ทางสายวิวัฒนาการ แผนผังสายวิวัฒนาการถูกสร้างขึ้นจากการจัดตำแหน่งที่ไม่มีการกลายพันธุ์มากเกินไปโดยใช้ FastTree 2.1.7.21 ราคา MN.DPAAP FastTree: การคำนวณต้นไม้วิวัฒนาการขั้นต่ำขนาดใหญ่ที่มีโปรไฟล์แทนที่จะเป็นเมทริกซ์ระยะทาง โมล จิตเวช Evol2009;26:1641–1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar],22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2—ต้นไม้ที่มีแนวโน้มสูงสุดโดยประมาณสำหรับการจัดแนวขนาดใหญ่ กรุณา ONE2010;5:e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ต้นไม้นี้แสดงภาพโดยใช้ Archaeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx) จากการจัดตำแหน่งเดียวกัน SplitsTree 4.12.823Huson DH, Bryant D.Application ของเครือข่ายสายวิวัฒนาการในการศึกษาวิวัฒนาการ โมล จิตเวช Evol2006;23:254–267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ถูกใช้เพื่อสร้างเครือข่ายแบบแยกส่วน การวิเคราะห์สายพันธุ์ Strain ถูกระบุโดยการส่งผ่านการจัดตำแหน่งแบบไฮเปอร์มิวเทชัน-เชิงลบผ่านอัลกอริธึมการจัดกลุ่มแบบวนซ้ำล่าสุด พบว่าแอปพลิเคชั่นเดียวของ UCLUST v1.124Edgar RC.Search และจัดกลุ่มลำดับความสำคัญได้เร็วกว่า BLAST ชีวสารสนเทศ2010;26:2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ให้ผลลัพธ์การจัดกลุ่มที่ไม่ดีเนื่องจากลักษณะที่โลภของอัลกอริทึม มีการนำอัลกอริธึมการทำซ้ำซึ่งแนะนำโดยผู้เขียน UCLUST ที่ http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html ซึ่งจัดการได้ดีกับปัญหานี้ สำหรับการจัดกลุ่มแต่ละรอบ ลำดับฉันทามติจากรอบก่อนหน้าจะถูกเพิ่มที่ด้านบนสุดของการจัดตำแหน่งที่ไม่มีแอป เรียงตามลำดับขนาดคลัสเตอร์จากมากไปน้อย สำหรับการทำซ้ำนี้ การทำคลัสเตอร์ได้ดำเนินการโดยใช้คลัสเตอร์_smallmem ซึ่งสร้างลำดับและคลัสเตอร์ที่เป็นเอกฉันท์ใหม่ กระบวนการนี้ซ้ำสองครั้ง การกำหนดคลัสเตอร์ได้รับการปรับแต่งเพิ่มเติมโดยสคริปต์ซึ่งพบเซนทรอยด์ที่แท้จริงของแต่ละคลัสเตอร์ ตามที่กำหนดโดยลำดับที่มีระยะ Hamming ที่ทำให้เป็นมาตรฐานโดยเฉลี่ยน้อยที่สุดไปยังลำดับอื่นๆ ในคลัสเตอร์ สคริปต์ได้รับการตรวจสอบเพื่อให้แน่ใจว่าแต่ละลำดับคลัสเตอร์กับเซนทรอยด์ที่มันอยู่ใกล้ที่สุด (อีกครั้งตามที่กำหนดโดยระยะแฮมมิงที่ทำให้เป็นมาตรฐาน) ทำให้กำหนดใหม่ตามความจำเป็น อัลกอริธึมแบบวนซ้ำนี้ถูกนำไปใช้โดยใช้ขีดจำกัด 97.77% เกณฑ์นี้แม้ว่าจะสูงกว่าที่ใช้ในการศึกษาร่วมของเราเล็กน้อย 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. พลวัตของประชากรของลิงชนิดหนึ่งจำพวกลิงและไวรัสฟองที่เกี่ยวข้องในบังกลาเทศ เชื้อจุลินทรีย์ที่เกิดใหม่ 2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] สะท้อนความหลากหลายของลำดับที่ต่ำกว่าได้ดีกว่าอันเป็นผลมาจากการนำคอลัมน์ที่สงสัยว่ามีไฮเปอร์มิวเทชันออก ดังที่กล่าวไว้ข้างต้น สายพันธุ์ของไวรัสแสดงโดยใช้อักษรตัวพิมพ์เล็กเพื่อแยกความแตกต่างจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่มีการสุ่มตัวอย่างมนุษย์หรือลิงแสม (เช่น ธรรมรายเป็นพื้นที่ศึกษาที่พบสายพันธุ์หลักธรรมรายเป็นหลัก) วิธีการทางสถิติ การวิเคราะห์ทางสถิติของตัวแปรทางประชากรคือ ดำเนินการโดยใช้แพ็คเกจซอฟต์แวร์ทางสถิติของ JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA); วิเคราะห์ตารางฉุกเฉินด้วยฟังก์ชัน R fisher.test.25 R Core Team R: ภาษาและสภาพแวดล้อมสำหรับการคำนวณทางสถิติ เวียนนา: R Foundation for Statistical Computing, 2012. [Google Scholar]RESULTSDข้อมูลทางประชากรศาสตร์รวมถึงการเปิดรับ NHP ในช่วง 5 ปี 2007-2011 ตัวอย่างทางชีววิทยาถูกรวบรวมจาก 222 คน

ฝากข้อความ 

รายการข้อความ